硕士论文查重系统的使用限制主要包括以下几个方面：首先，系统可能存在敏感词库，一旦论文中涉及敏感词汇，就容易被查重系统识别为抄袭；其次，部分查重系统对图片、公式等特殊内容的识别能力有限，容易导致误判；此外，一些系统对于同行文献或自身已发表的论文也会进行比对，可能会误判为抄袭。针对这些限制，作者在写作过程中应注意避免使用敏感词汇，合理标注图片和公式，及时更新已发表的论文信息，保证原创性。

此外，硕士论文查重系统的使用限制还体现在一些系统对于引用和参考文献的处理上。有些系统可能无法正确识别引用内容，导致相似度偏高；而有些系统则会将参考文献误判为抄袭内容。为应对这一限制，作者在写作过程中应规范引用格式，清晰标注参考文献，确保系统能够正确识别引用内容，避免误判。此外，定期更新查重系统，了解系统的更新和优化情况，也有助于更好地应对系统使用限制。