论文免费查重系统在保护用户隐私方面有多种方法。首先，系统应采用加密技术，确保用户上传的论文和个人信息在传输和存储过程中不被泄露。其次，系统应设立严格的权限管理机制，只有授权人员才能查看用户上传的论文内容。此外，系统还可以通过匿名化处理用户数据，避免用户个人信息被泄露。综上所述，论文免费查重系统可以通过加密、权限管理和匿名化等方式来保护用户隐私。

保护用户隐私是论文免费查重系统设计中至关重要的一环。除了加密、权限管理和匿名化等技术手段外，系统还可以通过定期更新安全补丁、加强对外部攻击的防范以及建立隐私保护意识教育等方式来提升用户隐私保护水平。此外，用户在使用论文查重系统时也应注意保护个人信息，避免在系统中留下过多敏感数据。通过系统与用户共同努力，论文免费查重系统可以更好地保护用户隐私，为用户提供安全、便捷的服务。